此機場在第二次世界大戰時興建，於1939年投入營運，初期用作英國皇家海軍的緊急航空基地。及後，跑道透過在直布羅陀海灣填海方式延長，但當時西班牙聲稱該處水域乃屬西班牙領土，更一度引致西班牙和英國之間的外交關係緊張起來。跑道延長後，可容許較大型的飛機在直布羅陀降落。

1987年12月2日，英國和西班牙政府簽署了同意書，以容許兩國的民航客機均可在直布羅陀機場升降。

2006年9月18日，英國、西班牙和直布羅陀簽署了科多巴條約（Córdoba Accord），自此以後，所有來往直布羅陀機場的民航班機限制統統取消。

2006年11月17日，西班牙國家航空宣布開辦從馬德里巴拉哈斯國際機場往返直布羅陀的直航服務，使用A319型客機飛行。這是自1979年直布羅陀土地爭論後，再次有西班牙客機在直布羅陀升降。該航班已於同年12月16日開始投入服務。

2007年5月，GB航空也開辦往返馬德里和直布羅陀的航班，但已於同年9月30日終止。

2008年9月12日，君主航空恢復於2006年7月停辦的曼徹斯特往返直布羅陀航班，每周3班（逢星期一、三、五提供服務）。同年9月22日，西班牙國家航空宣布，基於需求問題，由9月28日起停辦從馬德里往返直布羅陀的航班，此令直布羅陀機場再度沒有來自西班牙的航班升降。

2010年12月，易捷航空宣布開辦利物浦往返直布羅陀航線，逢周二、四、六提供服務。

2011年5月18日，英倫航空宣布由2012年3月31日起開辦往返東米特蘭及直布羅陀的航線，以波音737-300飛行，逢周二、四、六提供服務。